Patogen, Bakteri, Jamur dan Virus pada Tanaman

MACAM-MACAM PENYAKIT TANAMAN
Secara umum penyakit tumbuhan dapat dapat diklasifikasikan atau dikelompokan sebagai berikut :
I. Penyakit tumbuhan yang bersoifat infeksi atau (parasit)
1. Penyakit yang disebabkan oleh jamur
2. Penyakit yang disebabkan oleh prokariota (bakteri dan
mikoplasma)
3. Penyakit yang disebabkan oleh tumbuhan tinggi parasit
4. Penyakit yang disebabkan oleh virus dan viroid
5. Penyakit yang disebabkan oleh nematoda
6. Penyakit yang disebabkan oleh protozoa
II. Penyakit non-infektif, atau abiotik (fisiopath) adalah penyakit
yang disebabkan oleh:
1. Suhu yang terlalu tinggi atau terlalu rendah
2. Kekurangan atau kelebihan kelembaban tanah
3. Kekurangan atau kelebihan cahaya
4. Kekurangan oksigen
5. Polusi udara
6. Difesiensi hara
7. Keracunan hara
8. Kemasaman atau salinitas
9. Toksisitas pestisida
10. Kultur teknis yang salah
Tumbuhan menjadi sakit apabila tumbuhan tersebut diserang oleh patogen (parasit) atau dipengaruhi oleh agensia abiotik (fisiopath). Oleh karena itu, untuk terjadinya penyakit tumbuhan, sedikitnya harus terjadi kontak dan terjadi interaksi
antara dua komponen (tumbuhan dan patogen). Jika pada saat terjadinya kontak dan untuk beberapa saat kemudian terjadi keadaan yang sangat dingin, sangat panas, sangat kering, atau beberapa keadaan ekstrim lainnya, maka patogen
mungkin tidak mampu menyerang atau tumbuhan mungkin mampu menahan serangan, meskipun telah terjadi kontak antara keduanya, penyakit tidak berkembang. Nampaknya komponen ketiga juga harus terdapat untuk dapat berkembangnya penyakit. Akan tetapi, masing-masing dari ketiga komponen tersebut dapat memperlihatkan keragaman yang luar biasa, dan apabila salah satu komponen tersebut berubah, maka akan mempengaruhi tingkat serangan penyakit dalam individu tumbuhan atau dalam populasi tumbuhan.
Interaksi ketiga komponen tersebut telah umum digambarkan sebagai suatu segitiga, umumnya disebut segitiga penyakit (disease triangle). Setiap sisi sebanding dengan total jumlah sifat-sifat tiap komponen yang memungkinkan terjadinya penyakit. Sebagai contoh, jika tumbuhan bersifat tahan, umumnya pada tingkat yang tidak menguntungkan atau dengan jarak tanam yang lebar maka segitiga penyakit – dan jumlah penyakit – akan kecil atau tidak ada, sedangkan jika
tuimbuhan rentan, pada tingkat pertumbuhan yang rentan atau dengan jarak tanam rapat, maka sisi inangnya akan panjang dan jumlah potensial penyakit akan bertambah besar. Dengan cara yang sama, patogen lebih virulen, dalam jumlah berlimpah dan dalam keadaan aktif, maka sisi patogen akan bertambah panjang dan jumlah potensial penyakitnya lebih besar. Juga keadaan lebih menguntungkan yang membantu patogen, sebagai contoh suhu, kelembaban dan angin yang dapat menurunkan tingkat ketahanan inang, maka sisi lingkungan akan menjadi lebih panjang dan jumlah potensial penyakit lebih besar.

Kelembaban dan air tanah

Selain mempengaruhi kelembaban udara,kelembaban tanah dapat mempengaruhipenyakit.Pada umumnya patogensoil borne kurang dapatbertahan dalam tanah yang terlalu basah(becek).Selain itu, kelembaban tanah dapatmempengaruhi lamanya jamur patogen bertahandi dalamnya.

  Tekstur tanah

Pd nematoda, tanah yg poros / longgarmempermudah perpindahannya dr satu tumb ke tumb yg lain. Di daerah yg kering, penyakit ygdisebabkan oleh Xanthomonas campestris pv.malvacearum lbh bnyk terdpt di tanah yg padat.Diduga bhw tanah yg padat dpt lbh bnyk menahan air shg tumb kapas lbhsukulentis dan lebih rentan thdp penyakit.

  Bahan organik tanah

Pengaruh bahan organik di dlm tanahtgt pd sifat patogen. Dg memberikan bahan organik ke dlm tanah,kadar asam arang tanah akan meningkatSebagai akibat penguraian bahan2 organik danhal ini dpt menghambat pathogen tertentu,misalnyaOphiobolus graminis pd gandum.

PATOGEN-PATOGEN PADA TANAMAN

Patogen adalah suatu jasad yang dapat menyebabkan penyakit. Patogen tumbuhan merupakan jasad yang menyebabkan penyakit pada tumbuhan, seperti jamur, virus, dan baktri.

1.    VIROID

Ciri-ciri viroid adalah sebagai berikut :

1.    ss-RNA

2.    berat molekul antara 50-125.000 dalton

3.    terdiri dari 250-370 basa (viroid), 4-20 kb (virus)

4.    tidak ada mantel protein

5.    merupakan patogen tanaman

6.    gejala yang ditunjukkan oleh serangan viroid antara lain, stunting, motting, distorsion, dan necrosis

7.    lokasi serangan pada jaringan vascular, sel mesofil, pada inti selnya

8.    contoh penyakit yang disebabkan oleh viroid pada tanaman, seperti potato spindle tuber viroid (PSTVd), pengakit cadang-cadang pada kelapa, citrus exocortis viroid (CEVd), chrysanthemun stunt, dan avocado sunblotch.

9.    Singkatan nama : -d

1.    PRIONS

Ciri-ciri prion adalah sebagai berikut :

1.    Proteinaceous infectious agents

2.    Protein only, no nucleic acid

3.    Linked ti diseases of humans and other animals :

- e.g., mad cow disease, kuru, scrapie, etc.

- “transmissible spongiform encephalopathies”

- slow, always fatal

1.    Prion converts normal host protein into prion

Penularan Viroid dapat dilakukan secara meknik, kontaminasi alat, serbuk sari, biji dan vektor Macrosiphum euphrbiae.

CARA PATOGEN MENYERANG TUMBUHAN INANG

   Patogen menyerang tumbuhan inang dengan berbagai macam cara guna memperoleh zat makanan yang dibutuhkan oleh patogen yang ada pada inang. Untuk dapat masuk kedalam inang patogen mampu mematahkan reaksi pertahanan tumbuhan inang.

   Dalam menyerang tumbuhan, patogen mengeluarkan sekresi zat kimia yang akan berpengaruh terhadap komponen tertentu dari tumbuhan dan juga berpengaruh terhadap aktivitas metabolisme tumbuhan inang. Beberapa cara patogen untuk dapat masuk kedalam inang diantaranya dengan cara mekanis dan cara kimia.

Cara Mekanis

  Cara mekanis yang dilakukan oleh patogen yaitu dengan cara penetrasi langsung ke tumbuhan inang. Dalam proses penetrasi ini seringkali dibantu oleh enzim yang dikeluarkan patogen untuk melunakkan dinding sel.

Pada jamur dan tumbuhan tingkat tinggi parasit, dalam melakukan penetrasi sebelumnya diameter sebagian hifa atau radikel yang kontak dengan inang tersebut membesar dan membentuk semacam gelembung pipih yang biasa disebut dengan appresorium yang akhirnya dapat masuk ke dalam lapisan kutikula dan dinding sel.

Skema penetrasi patogen terhadap dinding sel tanaman

Cara Kimia.

Substansi kimia yang dikeluarkan patogen diantaranya enzim, toksin, zat tumbuh dan polisakarida. Dari keempat substansi kimia tersebut memiliki peranan yang berbeda-beda terhadap kerusakan inang. Misalnya saja, enzim sangat berperan terhadap timbulnya gejala busuk basah, sedang zat tumbuh sangat berperan pada terjadinya bengkak akar atau batang. Selain itu toksin berpengaruh terhadap terjadinya hawar.

Enzim

    Secara umum, enzim dari patogen berperan dalam memecah struktur komponen sel inang, merusak substansi makanan dalam sel dan merusak fungsi protoplas. Toksin berpengaruh terhadap fungsi protoplas, merubah permeabilitas dan fungsi membran sel. Zat tumbuh mempengaruhi fungsi hormonal sel dalam meningkatkan atau mengurangi kemampuan membelah dan membesarnya sel. Sedang polisakarida hanya berperan pasif dalam penyakit vaskuler yang berkaitan dengan translokasi air dalam inang  dan ada kemungkinan polisakarida bersifat toksik terhadap sel tumbuhan.

Enzim oleh sebagian besar jenis patogen dikeluarkan setelah kontak dengan tumbuhan inang. Tempat terjadinya kontak antara patogen dengan permukaan tumbuhan adalah dinding sel epidermis yang terdiri dari beberapa lapisan substansi kimia. Degradasi setiap lapisan tersebut melibatkan satu atau beberapa enzim yang dikeluarkan patogen.

Contoh bagian tanaman yang telah rusak akibat adanya enzim dari patogen tanaman.

.

Contoh gejala pada tanaman inang akibat toksin nonspesifik

Contoh gejala pada tanaman inang akibat toksin spesifik

Contoh gejala pembengkakan pada akar tanaman

  Patogen, gejala pada tanaman, dan faktor-faktor yang mempengaruhi perkembangan patogen

Salah satu patogen yang menimbulkan penyakit dengan kerugian yang besar adalah Phytophthora sp. Lebih dari 66% dari semua penyakit akar dan lebih dari 90% penyakit busuk pangkal batang pada tanaman berkayu disebabkan oleh Phytophthora sp. Berdasarkan beberapa literatur jenis Phytophthora yang biasa menyerang pada tanaman jeruk di banyak negara antara lain P. hibernalis, P. boehmeriae, P. cactorum, P. cinnamomi, P. citricola, P. citrophthora, P. drechsleri, P. megasperma, P. palmivora, P. parasitica (P. nicotianae), P. capsici, dan P. arecae, Sedangkan yang menyerang tanaman anggur adalah P. citricola, tanaman strawberry adalah jenis P. fragariae, dan tanaman apel adalah P. cactorum, P. drechsleri, P. cryptogea, P. citricola, P. cambivora, dan P. arecae.

Ciri-ciri morfologi patogen
Phytophthora berasal dari bahasa Yunani, phyto yang berarti tanaman dan phthora yang artinya merusak, jamur ini disebut juga jamur air karena selain di tanah dan daerah daun sebagian besar siklus hidupnya dapat terjadi di air (Erwin dan Ribeiro, 1996). Phytophthora yang ditumbuhkan pada media biakan atau jaringan tanaman dalam keadaan lembab, umumnya tidak berpigmen, dan apabila dilihat di bawah mikroskop, miseliumnya berwarna hyalin. Miselium bercabang dan memiliki struktur seperti tabung. Pertumbuhan umumnya terjadi pada ujung hifa (Erwin dan Ribeiro, 1996).
Spesies Phytophthora sp. menghasilkan spora aseksual pada kondisi lingkungan yang mendukung (suhu dan kelembaban optimum). Spora aseksual disebut sporangium. Sporangia dibentuk pada sporangiofor. Ukuran dan bentuk sporangia bermacam-macam (ovoid, obovoid, ellipsoid, limoniform (seperti lemon) dan pyriform (seperti buah pir). Sporangium berkecambah dan akar membentuk tabung kecambah apabila kontak dengan tanaman (Erwin dan Ribeiro, 1996). Zoospora merupakan spora seksual yang dihasilkan melalui peleburan gamet jantan (oogonium) dan betina (antheredium). Zoospora dapat menyebar melalui percikan air dan aliran air dipermukaan tanah. Spora ini memiliki flagel yang dapat membantu pergerakannya mendekati inang (Erwin dan Ribeiro, 1996)
Jamur ini dapat bertahan dalam tanah dan mengadakan infeksinya terutama melalui tanah dan disini dapat membentuk sporangium dan spora kembara. Jamur terutama dipencarkan oleh air hujan dan air pengairan yang mengalir di atas permukaan tanah. Infeksi ke pangkal batang dibantu oleh adanya luka, misalnya yang disebabkan oleh alat-alat pertanian. Di dalam kebun P. cactorum dapat terbawa oleh aliran air bersama-sama dengan tanah. Selain itu jamur dapat terangkut jauh karena terbawa oleh bibit (okulasi) dan tanah yang menyertai bibit ini (Semangun, 2000).

Gejala infeksi pada tanaman
    Gambar 1  
 Gambar 2        
Gambar 3
Gambar 4

                                                                                                                                                                 

Gejalanya pada kulit pangkal batang terdapat bagian yang membusuk dan berbatas jelas. Bagian yang membusuk sering mengeluarkan cairan yang berwarna kecoklatan, sehingga penyakit sering disebut sebagai “ penyakit kecap” (Gambar 1 dan 2). Pembusukan dapat meluas ke bawah dan terjadi pembusukan akar (Gambar 3) tetapi dapat juga kesamping sehingga pangkal batang digelang dan tanaman mati. Kadang-kadang bagian yang sakit tidak meluas, kulit yang busuk menjadi kering dan lepas, sehingga terjadi kanker atau luka terbuka yang dibatasi oleh jaringan kalus (Semangun, 2000).

Tanaman tahunan dan kecambah yang terserang kemungkinan akan mati dalam beberapa hari, minggu atau bulan, sedangkan pada tanaman tua proses kematian dapat berlangsung lambat atau cepat, tergantung pada populasi jamur di dalam tanah dan kondisi lingkungan. Gejala yang terlihat pada tanaman tua adalah berkurangnya jumlah daun, daun menguning dan dieback pada ranting dan cabang. Semua tanaman yang diserang oleh Phytophthora menunjukkan kematian akar-akar yang kecil dan adanya nekrotik berupa lesio berwarna coklat pada akar-akar yang tua (besar) (Gambar 4). Pada tanaman muda atau tanaman tua yang sukulen, sistem perakaran menjadi hancur, diikuti oleh kematian tanaman

Biasanya tanaman sakit menunjukkan gejala yang khusus. Gejala (symptom) adalah perubahan-perubahan yang ditunjukkan oleh tumbuhan itu sendiri, sebagai akibat dari adanya penyebab penyakit. Gejala-gejala dapat dibagi menjadi tiga tipe pokok, yaitu:

1.    Gejala nekrotik,disebabkan karena adanya kerusakan pada sel atau bagian sel, atau matinya sel, meliputi: nekrosis, hidrosis, klorosis, layu, gosong, mat pucuk, busuk, rebah semai, kanker, eksudasi, .

2.    Gejala hipoplastik, disebabkan karena terhambat atau terhentinya pertumbuhan sel (underdevelopment), meliputi: kerdil/atropi, perubahan simetri, klorosis, etiolas, pemusaran.

3.    Gejala hiperplastik, disebabkan karena pertumbuhan sel yang lebh dari biasa (overdevelopment), meliputi: sapu setan, proplepis, nyali, intumesensia, erinosisenggulung atau mengeriting, fasiasi, pembentukan alat yang luara biasa, kudis, rontoknya alat-alat, perubahan warna.

Agar timbul penyakit, mikroba patogen harus berhubungan dengan jaringan tanaman yang hidup dan berkembang di dalamnya. Aktivitas mikroba patogen dalam tubuh tanaman terutama bersifat kimiawi Karena itu pengaruh yang disebabkan oleh mikroba patogen pada tanaman  hampir seluruhnya akibat  reaksi-reaksi biokimia  yang terjadi antara substansi yang dihasilkan  oleh patogen dengan substansi yang terdapat dalam badan tanaman, atau yang dientuk oleh tanaman. Kelompok-kelompok utama substansi yang disekresikan oleh patogen dalam badan tanaman, yang menyebabkan timbulnya penyakit, baik langsung maupun tidak langsung adalah enzim, toksin, zat pengatur tumbuh, dan polisakarida pada lendir.

Pada tumbuhan dikenal tiga macam ketahanan terhadap penyakit, yaitu ketahanan mekanis, ketahanan kimiawi, dan ketahanan fungsional. Ketahanana mekanis dan kimiawi terdiri atas ketahanan pasif (sifat yang menyebabakan tumbuhan tahan sudah terjadi sebelum infeksi) dan ketahanan aktif (mikroba patogen mengimbas terjadinya penghambat meluasnya patogen dalam tanaman.

 

Virus Pada Tumbuhan

a.TMV(Tobacco Mosaik Virus)
Virus ini menyerang daun tumbuhan tembakau sehingga lama kelamaan daun tersebur rusak dan berwarna kuning. Buat yang penasaran seperti apa penyakit mosaik pada tembakau, Viro akan menampilkan beberapa gambar tentang penyakit mosaik.

b.CVFDV(Citrus Vein Floem Degeneration Virus)
Virus ini menyerang jaringan pengangkut(floem) tumbuhan jeruk sehingga pembuluh floem mengalami degenerasi.
c.Virus Tungro
Virus ini menyerang tumbuhan padi dll,hospes perantaranya/inang perantarnya adalah bermacam-macam wereng.

Klasifikasi virus

Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik fungsional.

• Klasifikasi virus berdasarkan morfologi

Berdasarkan morfologi, virus dibagi berdasarkan jenis asam nukleat dan juga protein membran terluarnya (envelope) menjadi 4 kelompok, yaitu :^[25]

1.    Virus DNA

2.    Virus RNA

3.    Virus berselubung

4.    Virus non-selubung

·         Klasifikasi virus berdasarkan tropisme dan cara penyebaran

Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran, virus dibagi menjadi:^[25]

1.    Virus Enterik

2.    Virus Respirasi

3.    Arbovirus

4.    Virus onkogenik

5.    Hepatitis virus

• Klasifikasi virus berdasarkan genomik fungsional

Virus di klasifikan menjadi 7 kelompok berdasarkan alur fungsi genomnya. Klasifikasi ini disebut juga klasifikasi Baltimore yaitu:

1.    Virus Tipe I = DNA Utas Ganda

2.    Virus Tipe II = DNA Utas Tunggal

3.    Virus Tipe III = RNA Utas Ganda

4.    Virus Tipe IV = RNA Utas Tunggal (+)

5.    Virus Tipe V = RNA Utas Tunggal (-)

6.    Virus Tipe VI = RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA perantara

7.    Virus Tipe VII = DNA Utas Ganda dengan RNA perantara

Macam-macam infeksi virus

Virus dapat menginfeksi inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya. ada yang berbahaya, namun juga ada yang dapat ditangani oleh sel imun dalam tubuh sehingga akibat yang dihasilkan tidak terlalu besar.

1.    Infeksi Akut
infeksi akut merupakan infeksi yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat juga berakibat fatal. Akibat dari infeksi akut adalah :
* Sembuh tanpa kerusakan (Sembuh total)
* Sembuh dengan kerusakan
* Berlanjut kepada infeksi kronis
* Kematian

2.    Infeksi Kronis
Infeksi kronis merupakan infeksi virus yang berkepanjangan sehingga ada resiko gejala penyakit muncul kembali.

3.    Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.

Pelekatan Virus

Pelekatan virus merupakan proses interaksi awal antara partikel virus dengan molekul reseptor pada permukaan sel inang. Pada tahap ini, terjadi ikatan spesifik antara molekul reseptor seluler dengan antireseptor pada virus.. .

Penetrasi

Penetrasi terjadi pada waktu yang sangat singkat setelah pelekatan virus pada reseptor di membran sel. Proses ini memerlukan energi Tiga mekanisme yang terlibat:

• Translokasi partikel virus

• Endositosis virus ke dalam vakuola intraseluler

• fusi dari envelope dengan membran sel (untuk virus yang berenvelope)

Pelepasan Mantel

Tahap ini terjadi setelah proses penetrasi dimana kapsid virus baik seluruhnya maupun sebagian dipindahkan ke dalam sitoplasma sel inang. Pada tahap ini genom virus terekspos dalam bentuk kompleks.

Penyakit pada tumbuhan merupakan musuh utama yang paling ditakuti para petani karena bisa menyebabkan gagal panen atau seandainya masih bisa dipanen, kualitas buah/daunnya menjadi jelek sehingga mengakibatkan jatuhnya harga komoditi hasil panen tersebut. Penyakit pada tumbuhan bisa disebabkan oleh berbagai macam faktor. Mulai dari cendawan, serangga, bakteri, dll. Setiap jenis penyakit harus ditangani dengan cara yang berbeda karena jenis kerusakan yang dihasilkan juga berbeda . 

Berikut ini macam - macam penyakit pada tumbuhan:

# Penyakit rebah kecambah (damping off)

       Penyebab: pythium, phytophthora, fusarium, dan thizoctinia

       Gejala: pre emergence damping off, patogen menyerang benih tanaman sebelum benih muncul ke permukaan tanah.

# Penyakit busuk akar (root rot)

       Penyebab: thielaviopsis basicola, fusarium solani, armillaria mellea

       Gejala: kelayuan dan kematian tanaman secara cepat, perubahan warna kuning pada daun, pertumbuhan kerdil, dan gugur daun sebelum waktunya

# Penyakit layu pembuluh

       Penyebab: fusarium oxysporum, verticillium dahliae, v. alboatrum

       Gejala: patogen menyerang pembuluh xylem tanaman, sehingga tanaman kehilangan turgor dan layu. Jika dibelah, pembuluh di dalam batang berwarna coklat

# Penyakit embun bulu (downy mildew)

       Penyebab: sclerospora maydis, pseudoperorospora cubensis

       Gejala: pada kondisi kelembaban yang cocok, cendawan ini tumbuh seperti bulu putih keabu-abuan, yang terdiri dari tangkai spora dan spora. Pada gejala sistemik menyebabkan daun menjadi klorosis

# Penyakit embun tepung (powdery mildew)

       Penyebab: oidium spp dan erysiphe spp

       Gejala: gejala awal ditandai dengan adanya tepung putih pada daun terbawah dari tanaman, daun yang terserang menjadi kuning, coklat dan akhirnya mengering. Lama kelamaan daun akan terserang semua dan dapat mengakibatkan kematian pada tanaman. 

Parasit yang menyebabkan penyakit pada tanaman pada umumnya membentuk bagian vegetatifnya di dalam jaringan tanaman sehingga tidak tampak dari luar. Tetapi walaupun demikian ia membentuk bagian reproduktifnya pada permukaan tanaman yang diserangnya atau hanya sebagian tampak pada permukaan tersebut. Selan itu sering pula pembentukan propagul dalam bentuk istirahat pada permukaan tanaman.
Pada beberapa kasus hampir seluruh bagian dari parasit termasuk, propagul vegetatif dan generatif terdapat pada bagian luar tanaman sehingga dapat dilihat.
Dalam hubungan ini untuk penamaan penyakit dapat didasarkan pada struktur patogen yang terlihat:

1.    Mildew : merupakan penyakit tanaman dimana patogen terlihat sebagai pertumbuhan pada permukaan luar dari bagian tanaman yang terserang. Biasanya tampak dalam bentuk yang berwarna keputih-putihan pada daun, cabang atau buahnya.

§  Downy Mildew : merupakan pertumbuhan yang ditandai dengan lapisan seperti bulu-bulu kapas.

§  Powdery Mildew: merupakan bentuk yang terdapat pada permukaan tanaman yang tampak sebagai lapisan pupur.

2.    Karat : Gejala pada permukaan tanaman seperti karat. Hal ini karena adanya kumpulan spora yang keluar dari stomata dengan warna seperti karat (merah kecoklat-coklatan).

3.    Smut (Gosong): Gejala ini menyerupai tepung berwarna kehitam-hitaman dan terdapat pada organ perbungaan, batang, daun dan sebagainya.

4.    Kudis: Patogen (tubuh buah) yang muncul pada permukaan bagian yang terserang berbentuk agak kasar seperti kudis.

5.    Cacar : Bagian tanaman biasanya daun muda yang terserang mengelupuh (seperti cacar) dan pada bagian yang menonjol terbentuk lapisaan tubuh buah.

6.    Bercak ter (Tarspot) : Bagian yarig terserang agak menonjol dan berwarna hitatr. Bagian yang hitam tersebut terdiri dari tubuh buah cendawan.

Ini beberapa gambar dari tanaman yg terserang virus dan pathogen :

Busuk rimpang,

Gambar : Gejala busuk rimpang Sclerotium pada jahe

Penyebab:

Sclerotium  rolfsii, Rhizoctonia solani, dan Fusarium  oxysporum

Patogen bertahan dalam tanah dan rimpang yang sakit. Patogen ini mempunyai miselium berwarna putih. Untuk mempertahankan diri, cendawan S. rolfsii dan R. solani membentuk sklerotium yang semula berwarna putih, kemudian menjadi cokelat. Sedangkan    F. oxysporum  membentuk klamidospora

Penyebaran patogen dapat melalui benih, air, angin, serangga, dan alat pertanian

Gejala Serangan:

serangan cendawan    S. rolfsii,   R. solani,  dan F. oxysporum baik  sendiri-sendiri maupun bersamaan  menyebabkan busuk rimpang. Gejalanya berupa   daun menguning, layu, dan  pucuk  tanaman mengering, akhirnya tanaman mati. Gejala ini mirip seperti serangan layu bakteri, tetapi proses kematian tanaman berlangsung beberapa bulan. Batang semu yang menunjukkan gejala tersebut sulit dicabut atau dipisahkan dari rimpangnya. Bila  rimpang dibelah terlihat bagian dalam berwarna agak gelap dan busuk, tetapi tidak mengeluarkan lendir. Pada  serangan   berat,  rimpang   dan   batang keriput, dan terdapat  mycelium cendawan berwarna putih seperti bulu dan butir-butir sklerotium

Pada kondisi kelembaban tanah tinggi, sebagai akibat dari drainase kurang baik, patogen berkembang biak lebih cepat.

Tanaman inang: kunyit, jahe, lidah buaya, keladi hias, anggrek, krisan, kembang pukul empat, amarilis, melati, cocor bebek,  nona makan sirih, buncis, kecipir, kangkung, bayam, terung, cabai, ketimun, pisang,  dan jeruk.

Karat Gambar : Gejala penyakit karat (A) dan serangan berat (B) pada kunyit Penyebab: Puccinia sp. Cendawan penyebab penyakit karat ini cocok berkembang pada temperatur yang agak dingin (16-23 °C). Gejala serangan: timbul karat-karat pada daun, berwarna kuning kecokelatan. Umumnya daun muda yang lebih awal diserang. Akibat  serangan  penyakit karat, pertumbuhan tanaman  tidak  optimum. Pada serangan berat,  daun-daun menjadi kering. Tanaman inang: kunyit, lengkuas, kapulaga, jagung, kacang tanah, dan gandum Layu bakteri Gambar : Gejala penyakit layu bakteri pada jahe dan Gejala layu  bakteri (busuk rimpang) pada kencur (A), eksudat bakteri ke luar dari rimpang temulawak yang sakit (B), dan cara mendiagnosa bakteri   R. solanaceaerum (C). Penyebab: Ralstonia  solanacearum Sumber utama bakteri R. solanacearum berasal dari benih rimpang yang sudah terinfeksi dari tanaman induk yang sakit. Patogen masuk ke dalam tanaman inang melalui luka-luka pada akar akibat serangan nematoda dan faktor lainnya Patogen dapat bertahan lama di dalam tanah, sehingga menjadi sumber penyakit. Oleh sebab itu, tidak dianjurkan menanam tanaman rimpang berulang-ulang di lahan yang sama Patogen menyebar melalui bibit terinfeksi, tanah, air, alat-alat pertanian, dan pekerja di lapang Gejala serangan: gejala khas, daun menguning dan menggulung dimulai dari  daun tua dan diikuti daun muda. Gejala daun menguning dimulai dari pinggir daun, kemudian menyebar ke seluruh helai     daun.  Tanaman  akan layu, mengering,     dan       mati Proses   kematian   berlangsung  cepat. Pada bagian pangkal  batang  terlihat   cekung basah     dan garis - garis  hitam   atau   abu – abu sepanjang batang. Rimpang   dan    batang busuk dan berbau. Batang  mudah   dicabut   dari   pangkalnya.  Bila  pangkal   batang  atau  rimpang dipotong dan dipijit, akan ke luar eksudat/lendir berwarna putih susu.  Penyakit berkembang paling cepat pada suhu    27 °C Cara untuk  mendiagnosa bakteri   R. solanacearum  dari tanaman yang terserang yaitu dengan memotong pangkal batang atau rimpang lalu rendam dalam air jernih, maka warna air akan berubah menjadi keruh Tanaman inang: jenis temu-temuan (jahe, kunyit, kencur, lempuyang, temu mangga, temu putih, temu lawak,  dan bangle), famili Solanaceae (tomat, terung, kentang), beberapa jenis gulma seperti babadotan meniran, ceplukan,  Euphorbia hirta, Erechtites sp., krokot, Commelina sp., dan Spigelia anthelmia.

Penamaan gejala yang didasarkan kepada akibat yang ditimbulkan oleh patogen tumbuhan atau perubahan yang terjadi pada tanaman

Sebagai akibat terganggunya pertumbuhan tanaman oleh penyakit, maka akan terjadi perubahan pada tanaman dalam: Bentuk, ukuran, warna, teksture dan lain-lain.
Perubahan tersebut seringkali merupakan gejala yang khas untuk penyakit tertentu. Tetapi adakalanya untuk satu macam penyakit menimbulkan lebih dari satu macam perubahan. Sering kali patogen penyebab penyakit tersebut dapat diketemukan pada jaringan yang terserang (internal) atau pada bagian permukan jaringan (eksternal) dalam bentuk tubuh buah, sclerotium dan sebagainya.
2.1. Perubahan dalam warna.
Seringkali warna hijau pada bagian tanaman yang terserang berubah menjadi warna kuning. Perubahan tesebut dapat terjadi oleh berbagai berikut sebab :

• Etiolasi. Akibat kekurangan cahaya atau terlalu lama tumbuh di tempat gelap.
• Khlorosis. Akibat temperatur rendah, kekurangan Fe, terserang virus, gangguan oleh cendawan, bakteri dan sebagainya.
• Khorornosis. Warna hijau dirubah oleh zat yang memberi warna, merah jingga dan sebagainya.
• Albino. Tanaman gagal membentuk zat warna.

2.2. Pertumbuhan yang berlebihan (hipertrofi)
Terjadi pembesaran secara abnormal dalarn ukuran dari organ tanaman. Hal ini terjadi karena adanya perangsangan terhadap jaringan tanaman untuk tumbuh secara berlebihan.Pembesaran organ tanaman ini dapat terjadi karena hiperflasia atau hipertrofi atau karena keduanya yang terjadi sekaligus.Hiperflasia: pembesaran dalam ukuran secara abnormal karena bertambah dalam jumlah sel. Hipertrofi: pernbesaran karena pertambahan besar dalam ukuran sel.Pertambahan besar keadaan ini dapat terjadi dalam berbagai bentuk yang disebabkan oleh berbagai penyakit:

• Puru (galls). Salah bentuk (malformation) dengan bentuk yang agak bulat seperti Crown gall, alcar gada, bintil akar dan sebagainya.
• Keriting (curl). Bentuk ini terjadi karena ada pertumbuhan yang lebih cepat pada salah satu bagian dari organ tanaman (antara lain daun).
• Sapu (witches broom). Sejumlah percabangan timbul dari bagian tertentu sehingga merupakan berkas yang menyerupai sapu.
• Akar berambut (hairy root). Sejumlah akar halus yang dibentuk secara abnormal.
• Intumescence. Pembengkakan yang menyerupai kudis yang terdiri dari parankhima.

2.3. Atrofi, hipoplasia atau kerdil.
Terjadinya kekerdilan ini sebagai akibat adanya penghambatan daIam pertumbuhan. Seluruh tanaman atau hanya terbatas pada bagian tertentu saja dapat menunjukkan gejala kerdil.

2.4 Nekrosis.
Keadaan dimana sel tanaman atau ogran tanaman mati sebagai akibat adanya aktivitas patogen.
Terdapat berbagai bentuk gejala nekrotik yang disebabkan oleh berbagai patogen yang berbeda pada bagian tanaman yang, diserangnya:

1.    Bercak. Sel-sel yang rnati hanya terjadi pada luasan terbatas dan biasanya bewarna kecoklat-coklatan. Sebelum terjadi di kematian sel warnanya agak kekuning-kuningan. Bagian jaringan yang mati seringkali sobek dan terpisah dari jaringan yang ada sekitarnya yang. masih sehat. Gejala tersebut disebut shot-hole atau tembus peluru. Bentuk, lesio dari bercak ini dapat bundar, segi empat bersudut, atau tidak teratur. Sisi bercak berwarna jingga, coklat, dan sebagainya seringkali pada bercak tersebut terlihat adanya tubuh buah.

2.    Streak dan shipe. bagian yang nekrotik memanjang masing-masing sepanjang tulang daun dan di antara tulang daun

3.    Kanker. Terjadi kematian sel kulit batang terutama pada tanaman berkayu. Permukaan bercaknya agak tertekan kebawah atau bagian kulitnya pecah sehingga terlibat bagian kayunya. Pada bagian yang pecah tersebut dapat terlihat adanya tubuh buah cendawan.

4.    Blight. Menyerupai bentuk yang terbakar. Gejala ini terjadi jika sel-sel organ tanaman mati secara cepat (daun, bunga, ranting dan sebagainya). Bagian tanaman tersebut menjadi coklat atau hitam.

5.    Damping - off (lodoh). Keadaan di mana batang tanaman diserang permukaan tanah. Bagian tanaman yang terserang disekitar permukaan tanah tertekan sehingea tidak mampu untuk menahan beban yang berat dari bagian atas tanaman.

6.    Terbakar, scald atau scorch. Bagian tanaman yang sukulen mati atau berwarna coklat akibat temperatur tinggi.

7.    Busuk. Bagian yang terserang mati, terurai dan berwarna coklat. Hal ini disebabkan oleh serangan cendawan dan bakteri yang menguraikan ikatan antara dinding sel oleh berbagai enzym. Tergantung dari bagian tanaman yang, terserang maka terdapat berbagai gejala busuk seperti busuk akar, busuk batang, busuk- pucuk, busuk buah. Tergantung pada tipe pembusukan maka terdapat busuk basah, busuk lunak, busuk kering.

8.    L a y u. Efek dari gejala layu ini daunnya kehilangan ketegarannya dan layu. Gejala ini diakibatkan oleh kerusakan bagian perakaran, penyumbatan saluran air atau oleh senyawa yang beracun yang dikeluarkan oleh patogen yang terbawa oleh aliran air kebagian atas tanaman.

9.    Die-back. Terjadi kematian ranting atau cabang dari bagian ujung atasnya dan meluas kebagian sebelah bawahnya.

10. Gugur daun, bunga, buah sebelum waktunya. Hal ini disebabkan oleh gangguan fisiologi atau sebagai akibat tidak langsung oleh gangguan patogen.

Perubahan organ tanaman (transportasi) dari organ tanaman jadi bentuk lain. Bagian tanaman diganti oleh struktur cendawan, seperti bunga yang baru terbuka mengandung kumpulan. spora (smut) atau perbungaan yang seharusnya dibentuk dirubah menjadi bentuk daun (filodi). 

Kebanyakan orang berpikir penyakit bakteri yang mempengaruhi hewan dan manusia tetapi tanaman juga akan mengalami infeksi bakteri. Bakteri dapat masuk melalui pemotongan daerah lain kami kerusakan yang terjadi pada daun atau batang karena angin menekuk tanaman, objek memukul tanaman, kutu daun menghisap getah tanaman atau hewan merumput di atasnya. Gejala kemudian tergantung pada jaringan yang internal dan struktur infeksi membutuhkan pegangan masuk
Meskipun ribuan spesies bakteri dapat menyebabkan penyakit pada hewan dan manusia, jumlah yang jauh lebih kecil, mungkin sekitar seratus, dapat menginfeksi tanaman dan merusak mereka. Penyakit tanaman bakteri umumnya disebabkan oleh basil, bakteri yang dibentuk oleh batang kecil, beberapa di antaranya adalah bakteri gram negatif dan beberapa di antaranya gram positif. Mayoritas penyakit tanaman akibat infeksi bakteri terjadi di bagian dunia yang memiliki pola cuaca tropis.

Jenis Bakteri Yang Menginfeksi Tanaman

Salah satu jenis utama dari bakteri penyebab penyakit tanaman adalah Proteobacteria. Kelompok besar spesies bakteri termasuk bakteri penyebab penyakit pada manusia, seperti Vibrio cholerae, yang menyebabkan kolera, dan Helicobacter pylori, yang berhubungan dengan radang perut. Beberapa spesies Proteobacteria hidup di tanah di mana mereka memperbaiki nitrogen dari udara, membentuk senyawa yang berguna yang digunakan oleh tanaman untuk pertumbuhan mereka. Satu spesies, Xanthomonas campestris, yang mempengaruhi tanaman dari Brassica dan kelompok Arabidopsis menyebabkan busuk hitam. Penyakit gejala kemajuan dari daun berubah warna untuk layu luas dari semua batang dan daun, dengan semua daun akhirnya menguning. Bagian tanaman mulai mati dan membusuk dan tanaman yang mati benar-benar tak lama kemudian.

Xanthomonas campestris menyebabkan efek dalam plant dengan memproduksi sejumlah besar polisakarida yang menghambat pembuluh xilem yang membawa air melalui tanaman. Begitu banyak diproduksi bahwa bakteri sebenarnya tumbuh dalam budaya untuk memperoleh polisakarida, lebih dikenal sebagai gom xanthan, pengental digunakan dalam industri makanan.
Beberapa spesies Mycoplasma-seperti spesies bakteri juga menyebabkan penyakit tanaman serius. Ini adalah bakteri yang tidak memiliki dinding sel dan mereka diperkenalkan ke dalam jaringan floem tanaman oleh serangga seperti kutu daun yang menyedot getah tanaman. Pembuluh floem pada tanaman adalah bagian dari sistem transportasi untuk gula, yang umumnya bergerak dari daun, di mana mereka dibuat oleh fotosintesis, ke bagian lain dari tanaman, termasuk akar. Kutu daun menggunakan seperti jarum bagian mulut ke batang tanaman tusukan dan mencari keterangan secara langsung ini pasokan kaya gula cair. Bakteri Mycoplasma tumbuh di dalam kutu daun dan getah serangga penghisap dan kemudian diperkenalkan ke tanaman inang mereka dengan suntik serangga sangat efektif. Tanaman yang menghasilkan sejumlah besar gula adalah yang terburuk yang terkena - untuk tanaman kelapa contoh dan tebu. Efek keseluruhan dari infeksi ini adalah untuk melemahkan pabrik, membuka peluang terhadap penyakit lainnya. Daun biasanya kehilangan warna dan gejala lain yang umum adalah bunga hijau, atau tidak adanya bunga.

Jamur mempunyai enzim yang dapat menguraikan selulosa. Selulosa mengalami hidratasi, tampak membengkak dan berlapis-lapis. Hifa ifeksi membuat saluran kecil di dalam bengkakan ini dan masuk ke dalam ruang el. Dibawah tempat perforasi itu hifa membesar dan encapai ukuran semula. Jadi penembusan dinding sel terjadi secara kimiawi. Jika hifa infeksi mulai menguraikan dinding luar sel epidermis, keseimbangan dalam sel mulai terganggu. Protoplasma mulai terganggu. Protoplasama mengalami perubahan dalam strukturnya, menjadi lebih kasar dan granuler. Kadang-kadang plasma mengalami koagulasi dan mengendap pada permukaan hifa yang telah masuk, sehingga hifa yang masuk itu terbungkus oleh selaput padat, yang dapat menghalangi difusi sekresi jamur ke dalam sel. Ada kalany lapisan pembungkus ini menjadi lebih kuat karena adanya endapan selulosa dan hemiselulosa, yang disebut lignituber, yang dapat menghentikan pertumbuhan hifa. Sering inti sel bergerak ke daerah hifa, tertarik oleh luka sebgai daerah yang mempunyai aktivitas fisiolologis tertinggi (traumotoxis). Inti menjadi lebih besar, agak pipih dan mempunyai nukleolus yang besar pula.

Contoh penyakit tanaman yang disebabkan jamur yaitu penyakit Elm Belanda (asal mula ditemukan di Belanda) yaitu penyakit jamur pada pohon-pohon elm yang telah menyerang sepuluh juta pohon diseluruh dunia. Penyakit elm dicirikan oleh penguningan daun secara dan kemungkinan pohon yang diinfeksi dapat mengalami kematian. Penyakit elm disebabkan oleh jamur Ophiostoma ulmi yang dipindahkan dari pohon-pohon berpenyakit ke pohon yang sehat (belum terserang penyakit) oleh kumbang-kumbang kulit kayu

Contoh lainnya adalah penyakit anggur lapuk menyerupai tepung. Jamur parasitik akar yaitu Hemilea vastatrix menyerang tanaman kopi di Sri Lanka dan negara oriental lainnya termasuk Indonesia. Di Amerika Serikat, tanaman kacang diserang oleh jamur yang berasal dari wilayah Asia. Bagian tanaman yang menghasilkan tanin dihilangkan oleh jamur. Kapang Rhizoctonia solani, fusarium sp, lentinus lepidus, Phytium sp, Botrytis cinerea, Gloesporium gloesporoides, Rigidopurus lignosus dan Slerotium rolfsii menyerang tanaman jagung, kedelei, kentang, tomat, kapas, kubis, pohon buah-buahan, dan tanaman hias.

a.Aktivitas mikroba parasit pada tanaman mangga    

1.Jenis penyakit/penyebab: Glocospongarium mangifera

Gejala: Cendawan ini merupakan parasit lemah, tetapi bila keadaan lingkungannya memungkinkan, misalnya ada pelukaan, keadaan lembab dan terbakar sinar matahari, serangan dapat terjadi secara hebat. Cendawan ini muncul di atas permukaan daun sebagai bintik-bintik hitam, konidia bersel satu dan bulat panjang.

2.Jenis penyakit/penyebab: Antraknosa (Colelotrichum gloeosporioides)

Gejala: Cendawan ini menyerang bagian-bagian tanaman yaitu daun muda, daun tua, bunga dan buah. Perkembangan penyakit akan meningkat bila kelembaban tinggi dan musim hujan panjang.

Daur penyakit: C. gloceosporioides adadalah sat jenis (species) yang sangat besar, umum terdapat dimana-mana dan dapat menyerang bermacam-macam tumbuhan.Tetapi samapai sekarang belum apat dikatakan dengan pasi bahawa jamur yang terdapat pada berbaga tumbuhan terdiri atas ras yang sama. Yng pasti C.glocosporoides yang dapat mengifeksi buah mangga bertahan pada ranting-ranting daun sakit  yang terdapat pohon, atau yang tereletak diatas tanah.

3.Jenis penyakit/penyebab: Botriodiplodia

Gejala: Cendawan ini menyerang pangkal batang dan cabang-cabang besar yag menghadap sinar matahari penuh misalnya karena pemangkasan yang berat. Gejala yang terlihat dari luar yaitu getah pohon yang menggali dari lubang pada batang. Bila semakin parah serangannya maka warna getahnya akan semakin coklat kelam. Pada buah menyebabkan hancurnya jaringan bagian dalam sehingga daging buah lunak. Mula-mula bercak berwarna ungu kemudian coklat tua dan akhirnya hitam.

4.Jenis penyakit/penyebab: penyakit busuk coklat (Physalospora perscae)

Gejala: Infeksi dimulai pada saat pohon berbunga, kemudian menyerang batang dan ujung-ujung tangkai. Pada tangkai terdapat bercak-bercak berwarna hitam terang. Pada tangkai buah yang masih muda berwarna coklat kekuning-kuningan kemudian coklat kehitaman. Buah yang terserang jatuh sebelum waktunya. Batang pohon muda yang terserang menjadi membengkak dan terjadi nekrosis.

5.Penyakit embun tepung

Gejala: Cendawan ini menyerang tunas, bunga dan buah yang masih muda. Buah yang terserang pemukaan menjadi busuk karena tertutup tepung berwarna putih. Infeksi pada bunga dan buah muda mengakibatkan perubahan warna yaitu menjadi coklat  akhirnya gugur. Pada serangan berat seluruh permukaan daun dan buah tertutup oleh cendawan sepeti tepung dan terdapat bercak-bercak berwarna ungu dengan bentuk tidak teratur.

6.Jenis penyakit/penyebab: Penyakit bercak (Cephaleuros sp.)

Gejala: Daun yang terserang nampak bercak-bercak berwarna kekuning-kuningan, berbentuk bulat sampai lonjong dengan tepi tidak rata berlekuk-lekuk atau tidak teratur. Serangan ini menyebabkan kanker pada ranting. Umumnya menyerang tanaman yang tubuh di tempat yang kurang mendapat sinar matahari dan yang keadaannya lemah baik pada persemaian ataupun tanaman yang tua.